【作者】徐偉南 黃蓉梅 劉媛媛 謝路昱 江玉姬 謝寶貴

【機構】福建農林大學園藝學院福建農林大學菌物研究中心新加坡國立大學計算機學院

摘要：rDNA序列中的ITS作為DNA barcoding廣泛應用于真菌的系統(tǒng)發(fā)育與物種輔助鑒定,IGS被認為可以用于種內水平不同菌株的鑒別。食用菌中還沒有完整的rDNA序列的報道。本研究采用二代和三代測序技術分別對金針菇單核菌株"6-3"進行測序,用二代測序的數據對三代測序組裝得到的基因組序列進行修正,得到一個在基因完整性、連續(xù)性和準確性均較好的基因組序列,對比Fibroporia vaillantii rDNA序列,獲得金針菇完整的rDNA序列。金針菇rDNA序列結構分析表明,它有8個rDNA轉錄單元,長度均為5 903bp,有9個基因間隔區(qū),其長度有較大差異,3 909–4 566bp。rDNA轉錄單元中,各元件的序列長度分別為:18S rDNA 1 796bp、ITS1 234bp、5.8S rDNA 173bp、ITS2 291bp、28S rDNA 3 410bp。基因間間隔區(qū)中,IGS1 1 351–1 399bp、5S rDNA 124bp、IGS2 2 435–3 092bp。金針菇的5S、5.8S、18S、28S rDNA序列準確性得到轉錄組數據的驗證,也得到系統(tǒng)發(fā)育分析結果的支持。多序列比對發(fā)現(xiàn),不同拷貝的基因間間隔區(qū)序列(IGS1和IGS2)存在豐富的多態(tài)性,多態(tài)性來源于SNP、InDel和TRS(串聯(lián)重復序列),而TRS來源于重復單元的類型和數量。9個基因間間隔區(qū)之間,IGS1只有少量的SNP和InDel,IGS2不僅有SNP和InDel,還有TRS。本研究結果提示,在應用IGS進行種內水平不同菌株之間的鑒別時,需要選取不同拷貝之間的保守IGS序列。 

 

基金：國家重點基礎研究發(fā)展計劃(2014CB138302)； 福建省木生型食用菌品種選育與產業(yè)化工程項目(fjzycxny2017010)~~；

 

關鍵詞：三代測序; 完整的rDNA; 轉錄組; 基因間隔區(qū); 金針菇;