【作者】嚴(yán)俊杰 張磊 謝斌 黃千慧 龍瑩 謝寶貴
【機(jī)構(gòu)】福建農(nóng)林大學(xué)菌物研究中心 福建農(nóng)林大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院 福建農(nóng)林大學(xué)園藝學(xué)院
摘要：可變剪接是引起蛋白多樣性的主要機(jī)制之一,而轉(zhuǎn)錄組reads的重新定位是獲取可變剪接位點(diǎn)的有效方法,適合在基因組較小的真菌中應(yīng)用。ZOOM軟件是一款可在window系統(tǒng)下運(yùn)行的reads可視化定位軟件,被廣泛用于下一代基因組測(cè)序(NGS)的reads定位及單堿基多態(tài)性位點(diǎn)(SNP)的發(fā)掘。本文發(fā)現(xiàn)該軟件分析可變剪接的新用途,并以禾谷鐮刀菌Fusarium graminearum的4個(gè)基因?yàn)槔敿?xì)描述該方法在真菌可變剪接位點(diǎn)識(shí)別中的應(yīng)用,這些結(jié)果均獲得RT-PCR的驗(yàn)證。
基金：Supported by the National Natural Science Foundation of China(31470107)； the National Key Basic Research Program of China(2014CB138302)； the China Agriculture Research System(CARS24)；
關(guān)鍵詞：3’端可變剪接; 5’端可變剪接; 內(nèi)含子保留; 外顯子互斥; RNA-seq數(shù)據(jù); 生物信息學(xué)方法; reads定位;