【作者】李廣 劉淑艷 李玉 陳艷秋
【機(jī)構(gòu)】吉林農(nóng)業(yè)大學(xué)食藥用菌教育部工程研究中心 延邊大學(xué)農(nóng)學(xué)院
摘要：盤基網(wǎng)柄菌Dictyostelium discoideum是目前黏菌中研究最清楚的模式生物,其捕食過(guò)程與肌動(dòng)蛋白的多聚化密切相關(guān)。為探討盤基網(wǎng)柄菌肌動(dòng)蛋白的序列特征,本研究利用生物信息學(xué)方法分析了盤基網(wǎng)柄菌32條肌動(dòng)蛋白的蛋白-蛋白相互作用(protein-protein interaction)和可能含有的保守基序。結(jié)果表明:盤基網(wǎng)柄菌32條肌動(dòng)蛋白與其他蛋白存在一組復(fù)雜相互作用關(guān)系和5組比較簡(jiǎn)單的相互作用關(guān)系;利用MEME SUITE分別分析盤基網(wǎng)柄菌32條肌動(dòng)蛋白序列的保守基序和與actin17呈最佳匹配的21種生物肌動(dòng)蛋白的保守基序,結(jié)果共獲得6個(gè)保守基序,即motif1,motif2,motif3,Motif1,Motif2,Motif3。其中motif1,Motif1,Motif3為本研究新發(fā)現(xiàn)的保守基序,這3個(gè)保守基序可定位于Profilin-actin-VASP202–244(PDB ID:3CHW)三維結(jié)構(gòu)的重要位置。以上結(jié)果表明actin3,actin10,actin14,actin15,actin17,actin31可能為盤基網(wǎng)柄菌比較重要的肌動(dòng)蛋白;motif1,Motif1,Motif3可能是盤基網(wǎng)柄菌肌動(dòng)蛋白在進(jìn)化中重要的保守基序。
基金：國(guó)家自然科學(xué)基金(31170013,30970017)； 教育部博士點(diǎn)基金項(xiàng)目(20102223120003)；
關(guān)鍵詞：黏菌; 蛋白相互作用; 基序分析;