【作者】王大莉 張金霞 邊銀丙 陳強(qiáng) 黃晨陽

【機(jī)構(gòu)】華中農(nóng)業(yè)大學(xué)應(yīng)用真菌研究所中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院農(nóng)業(yè)資源與農(nóng)業(yè)區(qū)劃研究所農(nóng)業(yè)部農(nóng)業(yè)微生物資源收集與保藏重點實驗室

【摘要】以15個香菇栽培品種為材料,對尿嘧啶核苷酸-胞嘧啶核苷酸激酶基因(UMP-CMP kinase gene,uck1)、分裂原活化蛋白激酶基因(mitogen-activated protein kinase gene,mapk)和外切β-1,3葡聚糖酶基因(exo-β-1,3-glucanase-encoding gene,exg1)進(jìn)行了部分序列的單核苷酸多態(tài)性(single nucleotide polymorphism,SNP)分析。結(jié)果表明,測序中出現(xiàn)的雙峰,是菌絲雙核體細(xì)胞中兩細(xì)胞核之間的差異造成的。在采用uck1、mapk和exg1的3,126bp中,共發(fā)現(xiàn)48處多態(tài)性位點,發(fā)生頻率為1/65bp,其中36個屬于轉(zhuǎn)換、12個為顛換。從群體發(fā)生頻率上,38個屬于超過10%的常見SNP,10個屬于罕見SNP。不同基因的SNP發(fā)生頻率不同,uck1、mapk和exg1的SNP發(fā)生頻率分別為1.40%、0.82%和2.41%。外顯子區(qū)SNP數(shù)量高于內(nèi)含子,3個基因在外顯子區(qū)域分布28個,內(nèi)含子分布20個。外顯子的28個SNP位點中,11個為錯義突變,17個為同義突變。錯義突變引起了編碼氨基酸的改變。對SNP位點的聚類分析表明,15個栽培品種間存在的多態(tài)性位點在1–36之間,15個品種的SNP類型不同。uck1,mapk,exg1的SNP可用于香菇栽培品種的鑒別。  

【基金】公益性行業(yè)(農(nóng)業(yè))科研專項(3-27)；

【關(guān)鍵詞】單核苷酸多態(tài)性; 外顯子; 錯義突變; 品種鑒別;