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    紫芝栽培品種‘武芝 2 號’(紫芝 S2)完成全基因組De novo測序及分析


    【發(fā)布日期】:2021-11-15  【來源】:易菇網(wǎng)
    【核心提示】:2021年11月9日,福建省農(nóng)業(yè)科學(xué)院食用菌研究所創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)在《生物技術(shù)通報(bào)》在線發(fā)表研究論文,采用 PacBio SMART 技術(shù)并基于三代和二代數(shù)據(jù)(3+2 策略)完成紫芝栽培品種‘武芝 2 號’(原名:S2)(通稱‘紫芝 S2’)De novo 測序、組裝,獲得序列總長度 56.849 Mb 的全基因組。






    圖片來源:陳體強(qiáng)研究員

    2021年11月9日,福建省農(nóng)業(yè)科學(xué)院食用菌研究所創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)在《生物技術(shù)通報(bào)》在線發(fā)表研究論文,采用 PacBio SMART 技術(shù)并基于三代和二代數(shù)據(jù)(3+2 策略)完成紫芝栽培品種‘武芝 2 號’(原名:S2)(通稱‘紫芝 S2’)De novo 測序、組裝,獲得序列總長度 56.849 Mb 的全基因組,包括72條 Scaffolds,其中71條Scaffolds構(gòu)成核基因組,另外1條(序列長度 85.389 kb)為完整的線粒體基因組。其中,核基因組16681個(gè)基因,完成13161個(gè)基因的注釋(約占總數(shù)的 78.89%),預(yù)測分析到4 組串聯(lián)重復(fù)的 rRNA基因簇(18S,5.8S,28S,5S rRNA )、405個(gè)非編碼 RNA和 3305個(gè)啟動子,并找到 rpb2、beta-tubulin、terf-1α、CaMMn-SOD等基因序列以及漆酶同工酶基因,鯊烯合酶、羊毛甾醇合酶基因與麥角甾醇合成代謝相關(guān)基因、交配型基因座mat A&B及其分布位置,并發(fā)現(xiàn)一種新的真菌免疫調(diào)節(jié)蛋白fip編碼基因。為今后紫芝栽培品種(系)分子鑒定與菌株鑒別、功能基因的挖掘與利用提供可靠信息,同時(shí)也為其后續(xù)開展中國栽培靈芝種類的比較基因組學(xué)分析積累科學(xué)數(shù)據(jù)。

    據(jù)悉,‘武芝 2 號’是目前國內(nèi)唯一實(shí)現(xiàn)商品化栽培的紫芝品種,于2005年從福建省野生紫芝種質(zhì)資源中選育得到,2012年通過福建省非主要作物品種認(rèn)定;近年來,在福建、廣東及廣西等地推廣應(yīng)用形成年產(chǎn)量達(dá)3000噸以上的規(guī)?;耘?。該基因組計(jì)劃始于2018年,依托特色食用菌繁育與栽培國家地方(福建省農(nóng)業(yè)科學(xué)院)聯(lián)合工程研究中心、福建省農(nóng)業(yè)科學(xué)院藥用植物研究中心、福建農(nóng)林大學(xué)和中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院藥用植物研究所的科研平臺完成。

    作者簡介:陳體強(qiáng),福建省農(nóng)業(yè)科學(xué)院,研究員。1989年起從事閩產(chǎn)赤芝、紫芝、建青黛等藥用真菌與中藥材研究逾30年。先后發(fā)表60多篇有關(guān)靈芝研究論文,其中15篇SCI收錄,出版《福建原木靈芝研究》專著1本,獲得國家發(fā)明專利1項(xiàng)、栽培品種認(rèn)定1個(gè),先后有4項(xiàng)靈芝科研成果獲得(2007、2012、2013、2014年)福建省科學(xué)技術(shù)獎(jiǎng)。近年來,先后在福建中醫(yī)藥大學(xué)藥學(xué)院、福建農(nóng)林大學(xué)食品科學(xué)學(xué)學(xué)院、華僑大學(xué)生物醫(yī)學(xué)學(xué)院擔(dān)任過校外研究生導(dǎo)師;現(xiàn)為中國菌物學(xué)會靈芝與健康產(chǎn)業(yè)分會理事、福建省微生物學(xué)會藥用真菌專業(yè)委員會副主任委員、福建省藥學(xué)會中藥與天然藥物專業(yè)委員會常務(wù)委員。

     
    關(guān)鍵詞: ‘武芝 2 號’ 測序
     
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