木耳子實體生長需保持相對濕度在90%左右，若低于70%，則難以形成耳芽；若長期天旱，應每天噴水1～2次，有條件的地方，可用噴灌機、旋轉噴霧機等人工降雨設備，噴水宜在下午或黃昏進行。每次采耳后，應停止噴水，讓耳木在陽光下曬一段時間，俟其表面稍干燥、菌絲恢復生長后再噴水，促使新的耳芽生長。
木耳生長最適溫度為20～28℃，如溫度過高，可以搭簡易涼棚遮陽。耳場內如果野草生長過旺，常影響耳木的光照、通風和干濕度，容易產生病害。因此，耳場必須定期除草，以改善通風透光條件。
從耳芽出現到成熟，在濕度正常情況下，一般需15天。當耳片顏色由深變淺、舒展變軟，子實體腹面產生白色孢子粉時，應及時采收。采耳最好在雨過天晴或晴天的清晨進行，木耳在半干時采摘，質量最好。
進入晚秋，氣溫下降，木耳已停止生長，應把耳木從架上取下來，按“井”字形堆放，加蓋樹枝或薄膜，以免淋雨積水，損傷菌絲。在寒冷的北方和高山地帶，可將耳木集中放在背風、向陽、干燥的場地上，平臥于地面，讓耳木在積雪下越冬，依靠積雪和地溫的保護，耳木內的菌絲能安渡寒冬，避免耳桿結冰，破壞木材結構，損傷菌絲。到第二年3～4月間耳芽發(fā)生，再散起架進行管理。
