一、品種不對路，溫型不當。
　　以最簡單的平菇為例，很多菇農(nóng)對品種的溫型缺乏掌握，我們知道平菇也有高溫、低溫、之分，炎熱的夏天低溫型平菇能出嗎？靈芝在冬季沒有好的保溫措施能出嗎？這些都是最基礎(chǔ)的東西，菇農(nóng)必須掌握。
　　二、菌袋污染現(xiàn)象嚴重。
　　是菇農(nóng)最鬧心的問題，看到一堆堆污染袋，都感心酸，料漲價，菇落價，而污染的增高，，造成菌袋污染的罪魁禍首主要是滅菌不徹底。在適宜的水分、溫度條件下，菌袋內(nèi)沒有被殺死的雜菌開始繁殖，開始星星點點地分布在菌袋上，后來擴展成片。那么導致滅菌不徹底的原因有那些呢？
　　以玉米芯為主的培養(yǎng)料，一般顆粒很大，拌料時料塊沒有吸透水，料內(nèi)有生心，不經(jīng)過預濕很難滅菌徹底；無論常壓滅菌也好高壓滅菌也好，如果在滅菌過程中沒有排盡冷空氣，滅菌鍋中始終被冷空氣占據(jù)一部分，導致熱循環(huán)不良。也會造成滅菌不徹底；還有滅菌保證不了時間，滅菌時間不足，或在滅菌過程中出現(xiàn)?；穑鶗斐蓽缇粡氐?，滅菌鍋內(nèi)菌袋擺放過多過緊，均會出現(xiàn)滅菌不徹底的問題。
　　三、菌種不定植或菌絲生長緩慢。
　　發(fā)生這種現(xiàn)象的原因很多，不排除有些.菌種活力弱可造成菌絲生長緩慢。但多數(shù)原因是菌袋裝料過緊或含水量過高（高于65％），菌袋內(nèi)由于沒有充足的氧氣，抑制了菌絲的生長速度。當然發(fā)菌溫度過低，且通風不良或培養(yǎng)料的酸堿度不適宜，也會造成發(fā)菌緩慢。菌袋滅菌后料袋沒有充分冷卻就急于接種導致菌種不定植現(xiàn)象也不少。還有培養(yǎng)室過于干燥，料面失水嚴重菌種也不可能定植好。