黑木耳生產(chǎn)過程中，高溫高濕的條件下，雜菌及病蟲害較多。如環(huán)紋炭團(tuán)菌、牛皮箍、韌皮菌、青霉、木霉等雜菌在耳木上生長，消耗養(yǎng)分，占據(jù)生長空間，并分泌有害物質(zhì)抑制黑木耳菌絲生長及子實(shí)體形成和發(fā)育。又有偽步行蟲、線蟲、螞蟻、薊馬等害蟲大多蛀食耳片和耳根、或耳木，還會傳播病蟲造成危害。一般防治方法有：
        1. 選用高產(chǎn)抗逆力強(qiáng)菌種。
        2. 盡量保護(hù)好段木樹皮，用石灰水對截口消毒。
        3. 保持耳場清潔、經(jīng)常消毒。
        4. 木耳成熟后要及時采收，并做好收耳后清理工作。
        5. 發(fā)現(xiàn)感染雜菌或蟲害的耳木或培養(yǎng)料，要立即搬離現(xiàn)場，減少病原傳播。
        6. 局部發(fā)生病蟲害，可采用人工捕捉，部分挖除等方法處理。
        7. 做好越冬耳木管理。
        8.栽培過程中做好溫度、水分、通氣的調(diào)控，采取促進(jìn)木耳生勢為主、藥物防治為副的管理方針。