1、主要害蟲：危害黑木耳的害蟲主要有薊馬、蛞蝓、線蟲，白蟻、偽步行蟲、癭蚊等，除白蟻主要為害耳木啃食菌絲外，其余大部分害蟲主要啃食耳片，同時(shí)被害殘破的耳片遇陰雨時(shí)，耳片膠質(zhì)分解流化更易引起細(xì)菌、霉菌的侵染使流耳更嚴(yán)重。白蟻在危害嚴(yán)重時(shí)找出蟻道并噴入白蟻粉防治，其它大部分害蟲可在幼蟲大量危害時(shí)噴藥殺滅。1000倍的敵敵畏、樂果可殺滅薊馬、偽步行蟲、線蟲、癭蚊等；蛞蝓可用400倍五氯酚鈉液噴灑地面；偽步行蟲（魚兒蟲）還能啃食干耳片，所以貯存木耳最后要曝曬或烘烤后入庫。同時(shí)還要注意清除耳場(chǎng)枯枝葉及腐木等，減少蟲害來源。
2、主要雜菌：危害黑木耳的主要雜菌有碳團(tuán)菌、韌革菌、裂褶菌、云芝、朱紅栓菌、木霉等，這些雜菌主要危害耳木，生活力很強(qiáng)，造成耳木粉狀腐朽或黑色鐵心（如碳團(tuán)菌），抑制了黑木耳菌絲的生長(zhǎng)，造成木耳減產(chǎn)。主要防治方法是注意耳場(chǎng)及周圍環(huán)境，燒除枯枝、落葉及腐木，減少污染源，還需盡量早點(diǎn)種，加強(qiáng)管理，促使黑木耳菌絲早定植，生長(zhǎng)快，盡早發(fā)滿耳木能有效減少雜菌侵染。其次是低海拔地區(qū)氣溫高，夏季耳木要嚴(yán)防曝曬，以花花太陽的林蔭地為宜，這樣可大大減少裂褶菌、韌革菌、朱紅栓菌等的發(fā)生。當(dāng)耳木有雜菌浸染時(shí)，要盡量早刮除后涂以鮮石灰漿或涂刷漂白粉消毒。危害嚴(yán)重的耳木盡早清除燒掉。
