食用菌病、蟲、雜菌的綜合防治，是指協調應用生態(tài)、生物、物理、化學等多種因素防治病、蟲、雜菌。其基本指導思想是預防為主，即在不破壞生態(tài)環(huán)境的情況下，通過合理安排菇類生產布局，選用優(yōu)良品種，采取科學栽培管理措施，選擇經濟有效的防治方法，組成完整的有機防治體系，達到降低危害、提高效益的目的。下面介紹食用菌病、蟲、雜菌綜合防治的主要措施。
　　一、合理安排生產布局 實行不同菇類的輪作栽培，對減輕部分病害發(fā)生有一定效果。在實行糧菇、菜菇輪作的地區(qū)，最好做到年年換地，以降低栽培場所病、蟲、雜菌的殘留量，減輕危害。
　　二、選用優(yōu)良菌種 應選擇適合當地氣候條件、抗性強的品種栽培。用種性純正，菌絲生長健壯，不帶菌毒，無雜菌、害蟲污染的菌種接種。
　　三、制備優(yōu)質培養(yǎng)料 種菇(耳)所用原料要新鮮，無腐爛霉變，并充分干燥。段木伐下后可先保留部分枝葉，并盡量保護樹皮，斷面及其他傷口應涂上石灰水，以減少細菌污染。栽培代料堆制前要曝曬1～3天，殺死料中部分有害微生物和害蟲。
　　四、改善衛(wèi)生條件 堆制、栽培場所應遠離發(fā)酵場、畜廄等污染源，并定期進行消毒。菇房(棚)門口應備消毒液槽或石灰坑供腳踏消毒。工作人員進入時要穿工作服。工作服及所有工具應定期消毒。進料前要對菇房內墻壁、床架、地面用1∶800倍多菌靈液和0.5%敵敵畏液徹底消毒，殺滅潛伏的病雜菌和害蟲。有條件的可在通風口設置過濾裝置，減少菇房空氣中病雜菌孢子含量。
　　五、把好培養(yǎng)料及覆土滅菌關
　　生料栽培的培養(yǎng)料最好進行二次發(fā)酵：第1次發(fā)酵在室外進行，發(fā)酵10～20天，其間翻堆3次；第2次在室內床架上進行，要求密閉門窗，用蒸汽或煤爐加溫，使室內溫度在60～70℃范圍內持續(xù)30分鐘。熟料栽培的培養(yǎng)料務必徹底滅菌，如采用常壓滅菌則需8小時以上，高壓滅菌需2小時以上，并保證受熱均勻。覆土材料用多菌靈、福爾馬林等藥劑處理；或進料時置于室內，利用二次發(fā)酵時的高溫進行巴氏滅菌。
　　六、適時播種和適當加大接種量 除草菇外，一般應盡量選擇在溫度較低時播種，接種可安排在夜間進行。應適當加大接種量，使菌絲盡快布滿培養(yǎng)料，以減少競爭性雜菌污染的機會。
　　七、加強栽培場所的管理 改善環(huán)境條件，盡可能滿足菇類生長的要求，提高其抵抗病菌雜菌的能力。栽培場所應常通風，保持空氣清新，并根據不同菇類的要求調節(jié)好溫濕度。栽培期間，每天用0.2%的肥皂水、3%～4%的石灰水或5%的甲醛溶液噴霧或噴灑；要注意檢查栽培床架或段木，發(fā)現病菇或雜菌應及時挖除銷毀，并用石灰水等消毒挖口。
　　八、采用物理方法防蟲 菇房、菇棚、防空洞等栽培設施的門、窗、通風口均應安裝防蟲網紗防蟲；室內可用黑光燈誘蟲，但需注意開門時應關燈，以防誘入室外的昆蟲。
　　九、適當使用化學藥劑 在病蟲害嚴重的栽培場地及老產區(qū)，可選用高效低毒并對食用菌生長無不良影響的農藥進行防治。常用藥劑有：(1)用50%多菌靈1000倍液拌料、拌覆土材料或覆土后噴灑表面，可殺死多種有害真菌；(2)用65%代森鋅1000倍液噴灑菇床(可接觸菇體)，可殺死多種病菌、雜菌；(3)用魚藤精1000倍液進行室內噴霧，可防治殼子蟲、菇蠅、跳蟲等；(4)用三氯殺螨砜1000倍液在菇房噴霧或浸段木，可有效防治螨類；(5)每噸培養(yǎng)料用10%的克線靈顆粒劑30克拌料，可殺滅線蟲；(6)每50公斤豆餅餌料加1.5～3公斤蝸牛敵制成毒餌置于室內，可誘殺蝸牛、蛞蝓；(7)用5%～20%的食鹽水于傍晚時噴灑栽培場地面亦可殺滅蝸牛、蛞蝓。