1、袋料面出現白色絮狀氣生菌絲
      原因：①菌袋含水量偏低，保濕發(fā)菌階段空氣溫度不足。②搔菌后，催蕾室內二氧化碳濃度偏高，通風不足，延長了營養(yǎng)生長向生殖生長轉化的時間。
      措施：①調整培養(yǎng)基含水量。②增加保濕發(fā)菌階段空氣相對濕度，防止氣生菌絲生長過旺，形成菌膜。做好催蕾階段室內保溫與通風工作。
      2、“搔菌”3天后，不見料面料恢復
      原因：催蕾室小環(huán)境的空氣過于流通，菌袋料面覆蓋物未蓋嚴。
      措施：集中處理，用冷開水連續(xù)2天內輕噴2--3次，使料面濕潤，噴水10分鐘后再覆蓋，保持覆蓋物與料面之間有較高的相對濕度。
      3、菌袋料面呈黑色潮濕狀
      原因：①直接將生水噴灑于料面。②薄膜水時間覆蓋料面，引起膜上冷凝水回滴，導致菌絲萎縮，料面變黑。
      措施：用滅過菌的小刀挖去發(fā)黑部分培養(yǎng)料，重新保濕發(fā)菌。
      4、菇蕾變色枯死
      原因：在誘導出菇階段所分泌的小水珠未能及時風干，使菇蕾原基被分泌的水珠淹沒，窒息而死。
       措施：待料面出現細小水珠時，逐漸加大室內通風，使室內的小水珠風干，水珠顏色呈淡黃色，清亮為正常，若呈茶褐色或混濁時，視為已被細菌感染。
       5、原基密密麻麻，有效菇稀稀拉拉
       原因：主要是金針菇發(fā)育不同步所致，因為抑制開傘，片面提高二氧化碳濃度，過早地將菌袋翻折下的塑料薄膜拉起，或過早進行套袋，使大部分菇蕾因得不到足夠的氧氣供應而窒息。
       措施：應根據不同季節(jié)，不同栽培環(huán)境，采取不同通風量的辦法來解決。在抑制階段要加大室內通風，讓長得高的菇蕾發(fā)白。春夏秋冬，雨天要加大室內空氣循環(huán)量，相對濕度保持80％--85％，宜采用豎直往復式升降扇，確保栽培架每一層空氣均能充分流動。
      6、出現菌蓋相連，菇柄扁平的“連體菇”
      原因：菇房內換氣不充分，以及菌絲未達到生理成熟，培養(yǎng)基過干、菌種老化等原因均會導致“連體菇”的產生。
      措施：以簡易二氧化碳測定儀監(jiān)測基房內子實體不同發(fā)育階段二氧化碳的含量；子實體發(fā)育過程中光強應低于200Lx，每日受光2小時，分數次進行。
       7、菇蕾粗細不一
       原因：幼蕾抑制失敗。
      措施：在催蕾過程中要經常疏蕾，將特別粗壯的菇蕾拔棄。
       8、“水菇”
      原因：菇房內空氣相對濕度較高。
      措施：盡可能地降低菇房內的空氣相對濕度。用豎直往復或升降風扇或180°轉頭電風扇吹，強制對流。調整好進排氣量的比例，補進的新鮮空氣應預冷排濕。采收前兩天要加大空氣對流量。
      9、菇蕾發(fā)育過程易開傘
      原因：①菌袋質量。若菌絲稀拉，裝料不緊，即使出菇，也易開傘。②栽培管理過程中溫度、濕度、氧氣、光照不協調。
      措施：菌袋培養(yǎng)過程中要加強空氣循環(huán)，防止發(fā)菌階段產生的熱量無法散發(fā)，同時檢查培養(yǎng)料含水量是否低于50％或高于70％，并檢查菌袋滅菌是否徹底，三級種是否受到隱性污染。后兩種可將三級種和未接種的栽培袋在無菌條件下回接入PDA培養(yǎng)基內，觀察是否出現污染。
      10、雜菌污染
      原因：菇房周圍及栽培場地、栽培架等沒有消毒或消毒不徹底。
       措施：
      10．1 菇房要認真消毒。消毒方法有兩種：一是用福爾馬林熏蒸，即每立方米空間用10毫升福爾馬林與5克高錳酸鉀混合熏蒸，密閉4小時，能達到消毒目的。二是用硫酸銅溶液噴灑，將硫酸銅配成5％的溶液。對菇房內外，栽培床架等物要全面噴灑。
      10．2 菇架的消毒。如果菇架是用松木做的，易發(fā)生綠色木毒，要用硫酸銅溶液消毒。為了預防曲毒，青毒等雜菌，要用高效漂白粉進行徹底消毒，稀釋濃度為100倍，靜止1--3小時，取其上清液全面噴灑即可。
      10．3 消除污染物。對被雜菌污染的瓶、袋要及時拿出室外或遠離栽培處。否則雜菌孢子會擴散到整個菇房或場地。
      10．4 化學防治。一旦菌害發(fā)生，可采取在水中加入漂白粉、土霉素等，將病原菌消除。不可在菇體上噴灑對人體有害的農藥。