原種由母種繁殖而成，主要用于制作栽培種，也可在栽培時使用。
　　不同種類食用菌的原種培養(yǎng)基質(zhì)不同。培養(yǎng)基質(zhì)應(yīng)盡量選用與培養(yǎng)料接近的物質(zhì)。木生菌用木屑料，草糞類用草糞料為好。現(xiàn)在很多地方為了省工易操作，菌種生長快等原因多用麥粒料。制作原種的培養(yǎng)料含水量應(yīng)比栽培料稍低，保證瓶內(nèi)有足夠空氣供菌絲生長。原種多用500毫升或750毫升白色玻璃瓶裝料，裝瓶時注意上緊下松，裝瓶后用一木錐棒在料內(nèi)插一通氣孔道，插到瓶底為好。一般裝料1/2—3/5為好。最后用干凈布把瓶口抹干凈，用棉塞、牛皮紙包扎好，寫上標(biāo)簽后立即進(jìn)行滅菌，夏天不超過2小時，冬天不超過4小時。一般用1.5公斤壓力60分鐘連續(xù)滅菌，停止加溫后留在鍋內(nèi)悶4小時為好。    
　　原種的接種方法：在接種箱或接種室內(nèi)，母種在酒精燈旁切成約1立方厘米大小的菌絲塊，原種培養(yǎng)基在酒精燈旁用75%酒精抹瓶的外壁，用拿接種鏟的手拔去棉塞并向外夾在指間，然后另一手拿起母種管，并用拿鏟的手拔出棉塞夾在另一指間，迅速準(zhǔn)確地用接種鏟把母種菌絲塊送入原種瓶內(nèi)的培養(yǎng)基面上，不要放入瓶底，把試管口、原種瓶口燒過，塞上棉塞。然后包扎好，寫上標(biāo)簽，立即進(jìn)行適溫培養(yǎng)，一般一支母種可接4—6瓶原種。
　　原種培養(yǎng)時把瓶直放，使菌種定植。當(dāng)菌絲長滿面層，并開始深入料內(nèi)，可斜疊堆放。每天檢查一次，發(fā)現(xiàn)死種或雜菌污染的瓶應(yīng)即時取出處理。當(dāng)菌絲生長到半瓶時，培養(yǎng)溫度可降低攝氏2—3度。讓菌絲生長更健壯。但草菇菌種不宜降溫。直至菌絲長到底部、并均勻長滿整瓶，菌種即為成熟。一般成熟后7—8天內(nèi)使用較好。成熟的原種放在干爽、有漫射光、通風(fēng)的場所。麥粒種不超過3個月，草糞種不超過20天為好。死種瓶在一周內(nèi)補(bǔ)接種仍可使用。