裝好的菌袋可一層層堆積在地面或架子上。氣溫低時(shí)，地面應(yīng)鋪上一層塑料薄膜或麥秸或稻草，以免下層溫度太低，菌絲生長不良，一般堆放10～12層；氣溫高時(shí)，堆放2～3層即可，并擺放成品字形垛。夏秋季節(jié)（8月下旬至9月下旬）氣溫高時(shí)，垛與垛間應(yīng)留出寬35～40厘米的人行道，單層擺放，以利通風(fēng)換氣，還要留出一定的空地，以便翻垛用。如果垛溫超過30℃，應(yīng)及時(shí)翻垛降溫；冬季或早春（11月至翌年2月）堆垛發(fā)菌時(shí)，可利用堆積菌袋的方法發(fā)熱保溫，促進(jìn)菌絲發(fā)育。方法：堆積菌袋時(shí)，垛與垛間只留少許空隙或不留但也不緊挨，每4垛為一堆（垛長為4米左右），然后用塑料布和草苫蓋好，堆放在半地下式塑料棚、溫室和空屋內(nèi)均可。另外在棚內(nèi)或室內(nèi)應(yīng)安放一個(gè)干濕溫度計(jì)，以觀察棚內(nèi)或室內(nèi)溫度、相對濕度的變化（溫度應(yīng)控制在20℃～25℃，相對濕度應(yīng)控制在60%～70%），及時(shí)調(diào)控，以利菌絲健壯生長。

翻垛是菌絲培養(yǎng)期間的一項(xiàng)重要工作，一般每5～7天翻一次（上、下、里外翻均勻），以使菌絲受溫一致，發(fā)菌整齊。在翻垛時(shí)要注意檢查有無雜菌污染，有雜菌污染的可單獨(dú)放置或處理，不可亂扔亂放。若發(fā)現(xiàn)菌絲不吃料，應(yīng)查明原因（是培養(yǎng)料含水量過大，還是原料發(fā)霉變質(zhì)，或是室溫太低、菌種老化等），及時(shí)采取措施，妥善處理。冬季棚內(nèi)或室內(nèi)需生火，要注意通風(fēng)換氣排出廢氣。