優(yōu)質(zhì)的菌種，菌絲生長快，整齊粗壯、濃密，無雜菌污染，抗逆性強，栽培出的子實體產(chǎn)量高，質(zhì)量好。使用優(yōu)質(zhì)菌種是獲得高產(chǎn)優(yōu)質(zhì)的關(guān)鍵。按培養(yǎng)方式的不同，菌種分為母種、原種和栽培種三種類型。
    母種又叫一級種（試管種），是取子實體上的組織塊或孢子放在培養(yǎng)基上萌發(fā)出來的菌絲體。母種一般要經(jīng)過試驗證明是優(yōu)良的菌種才可使用。母種是用來繁殖菌種的種源。因母種體積小，數(shù)量少，故不能直接用于栽培，只能作栽培前的菌種使用。母種又可分為原原種和代傳種。原原種是最初獲得的純菌絲體，是采取有效方法保藏，并嚴格控制傳代次數(shù)的菌種，而且是保存在選育單位或?qū)I(yè)菌種保藏機構(gòu)的菌種。傳代種是由原原種轉(zhuǎn)接多次培養(yǎng)出來的、供培養(yǎng)原種用的菌種。
    原種又叫二級種，是將母種轉(zhuǎn)接到由農(nóng)作物棉籽殼、稻麥草等發(fā)酵或麥粒組成的培養(yǎng)基上繁殖而成的菌種。一般是用玻璃瓶裝培養(yǎng)基培養(yǎng)的菌種。原種也是作擴大繁殖用的菌種，只是數(shù)量較少，成本較高，不利于大面積栽培。
    栽培種，又叫三級種，是將原種轉(zhuǎn)接到由農(nóng)作物發(fā)酵后制成的培養(yǎng)基或麥粒上繁殖的菌種栽培種一般用玻璃瓶或塑料袋裝培養(yǎng)基來培養(yǎng)。